Molekulare Diagnostik
 
Mitarbeiter
David T. W. Jones, PhD (Group leader)
Barbara Worst, MD (Physician Scientist, Universitätsklinikum Heidelberg)
Dominik Sturm, MD (Physician Scientist, Universitätsklinikum Heidelberg)
Elke Pfaff, MD (Physician Scientist, Universitätsklinikum Heidelberg)
Mirjam Blattner-Johnson (PostDoc)
Marc Zuckermann, PhD (Postdoc)
Britta Ismer (PhD student)
Andrea Wittmann (TA)
Agata Rode, PhD  (Project Manager)
Lotte Hiddingh, PhD  (Biotechnologist)
Maximilian Deng (MD student)
 
 
Alumni
Sebastian Bender, PhD
Sonja Hutter, PhD
 
Translationale Forschung
Das Hauptanliegen unserer Gruppe ist es, grundlegende wissenschaftliche Erkenntnisse schnellstmöglich in der Klinik zum Nutzen für den Patienten zur Anwendung zu bringen. Innerhalb der Gruppe gibt es zwei Schwerpunkte: Zum einen nutzen wir verschiedene Technologien zur Untersuchung von (epi)genetischen Veränderungen, um dadurch die Diagnosestellung durch den Neuropathologen zu unterstützen. Zudem arbeiten wir an der Entwicklung von personalisierten Therapieansätzen, die speziell auf das Erkrankungsbild des einzelnen Patienten maßgeschneidert werden.Für das Programm „Molekulare Neuropathologie“ entwickeln wir eine Methode, die das genomweite DNA Methylierungsmuster als eine Art Fingerabdruck des Tumorursprungs nutzt, um die Genauigkeit beim Erstellen einer Diagnose zu verbessern. Dies ist von besonderer Bedeutung, da die genaue Diagnose maßgeblich zur Entscheidung über die Art und Intensität der Therapie des einzelnen Patienten beiträgt.
Die zweite Hauptinitiative, das INFORM Projekt, ist eine bundesweite Zusammenarbeit, die die Hochdurchsatzsequenzierung nutzt, um personalisierte molekulare Tumor-Profile von Patienten mit hohem Rückfallrisiko zu erstellen. Durch diese Analyse identifizieren wir genetische Veränderungen des wiederauftretenden Tumors, die ein potentielles Ziel für ein bestimmtes Medikament darstellen. Diese Informationen sollen den behandelnden Arzt in die Lage versetzen, einen maßgeschneiderten Therapieansatz anbieten zu können.
 
Weitere Forschungsinteressen
Ein anderer Schwerpunkt dieser Gruppe richtet sich auf die (epi)genetische Analyse von kindlichen Gliomen. Diese Tumore entstehen aus Gliazellen, deren Aufgabe es ist, Neurone im Gehirn auf vielfältige Weise zu unterstützen. Unterschiedliche Arten von Gliomen zeichnen sich dabei durch unterschiedliche klinische und biologische Merkmale aus und rangieren auf der Gefährlichkeitsskala der Weltgesundheitsorganisation WHO zwischen relativ gutartig (WHO Grad I) und äußerst bösartig (WHO Grad IV). Zusammengenommen machen sie mehr als die Hälfte aller kindlichen Hirntumoren aus.
Unsere Gruppe zielt darauf ab, die genetischen und epigenetischen Veränderungen zu identifizieren, die diese Tumore kennzeichnen. Wir erfahren dadurch mehr darüber, wie sich diese Tumore entwickeln und wie sie zukünftig effizienter behandelt werden können. Um dies zu erreichen, nutzen wir fortschrittliche Technologien wie die Hochdurchsatzsequenzierung zur Analyse des Genoms, Transkriptoms und der Untersuchung von Histonmodifikationen. Selbstverständlich versuchen wir sicherzustellen, dass diese Forschungsergebnisse möglichst schnell in klinischen Nutzen umgesetzt werden.
 
KontaktDavid T. W. Jones (Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein!)
 
Ausgewählte Referenzen
Sturm D, Orr BA, Toprak UH, Hovestadt V, Jones DTW, Capper D, Sill M, Buchhalter I, Northcott PA, Leis I, Ryzhova M, Koelsche C, Pfaff E, Allen SJ, Balasubramanian G, Worst BC, Pajtler KW, Brabetz S, Johann PD, Sahm F, Reimand J, Mackay A, Carvalho DM, Remke M, Phillips JJ, Perry A, Cowdrey C, Drissi R, Fouladi M, Giangaspero F, Łastowska M, Grajkowska W, Scheurlen W, Pietsch T, Hagel C, Gojo J, Lötsch D, Berger W, Slavc I, Haberler C, Jouvet A, Holm S, Hofer S, Prinz M, Keohane C, Fried I, Mawrin C, Scheie D, Mobley BC, Schniederjan MJ, Santi M, Buccoliero AM, Dahiya S, Kramm CM, von Bueren AO, von Hoff K, Rutkowski S, Herold-Mende C, Frühwald MC, Milde T, Hasselblatt M, Wesseling P, Rößler J, Schüller U, Ebinger M, Schittenhelm J, Frank S, Grobholz R, Vajtai I, Hans V, Schneppenheim R, Zitterbart K, Collins VP, Aronica E, Varlet P, Puget S, Dufour C, Grill J, Figarella-Branger D, Wolter M, Schuhmann MU, Shalaby T, Grotzer M, van Meter T, Monoranu CM, Felsberg J, Reifenberger G, Snuderl M, Forrester LA, Koster J, Versteeg R, Volckmann R, van Sluis P, Wolf S, Mikkelsen T, Gajjar A, Aldape K, Moore AS, Taylor MD, Jones C, Jabado N, Karajannis MA, Eils R, Schlesner M, Lichter P, von Deimling A, Pfister SM, Ellison DW, Korshunov A, Kool M. New Brain Tumor Entities Emerge from Molecular Classification of CNS-PNETs. Cell. 2016 Feb 25;164(5):1060-72.
 
Sahm F*, Schrimpf D*, Jones DTW*, Meyer J*, Kratz A, Reuss D, Capper D, Koelsche C, Korshunov A, Wiestler B, Buchhalter I, Milde T, Selt F, Sturm D, Kool M, Hummel M, Bewerunge-Hudler M, Mawrin C, Schüller U, Jungk C, Wick A, Witt O, Platten M, Herold-Mende C, Unterberg A, Pfister SM, Wick W, von Deimling A, Next-generation sequencing in routine brain tumor diagnostics enables an integrated diagnosis and identifies actionable targets. Acta Neuropathol. 2015 Dec 15. [Epub ahead of print]
 
Alioto TS, Buchhalter I, Derdak S, Hutter B, Eldridge MD, Hovig E, Heisler LE, Beck TA, Simpson JT, Tonon L, Sertier AS, Patch AM, Jäger N, Ginsbach P, Drews R, Paramasivam N, Kabbe R, Chotewutmontri S, Diessl N, Previti C, Schmidt S, Brors B, Feuerbach L, Heinold M, Gröbner S, Korshunov A, Tarpey PS, Butler AP, Hinton J, Jones D, Menzies A, Raine K, Shepherd R, Stebbings L, Teague JW, Ribeca P, Giner FC, Beltran S, Raineri E, Dabad M, Heath SC, Gut M, Denroche RE, Harding NJ, Yamaguchi TN, Fujimoto A, Nakagawa H, Quesada V, Valdés-Mas R, Nakken S, Vodák D, Bower L, Lynch AG, Anderson CL, Waddell N, Pearson JV, Grimmond SM, Peto M, Spellman P, He M, Kandoth C, Lee S, Zhang J, Létourneau L, Ma S, Seth S, Torrents D, Xi L, Wheeler DA, López-Otín C, Campo E, Campbell PJ, Boutros PC, Puente XS, Gerhard DS, Pfister SM, McPherson JD, Hudson TJ, Schlesner M, Lichter P, Eils R*, Jones DTW*, Gut IG*, A comprehensive assessment of somatic mutation detection in cancer using whole-genome sequencing. Nat Commun. 2015 Dec 9;6:10001
 
Korshunov A, Ryzhova M, Hovestadt V, Bender S, Sturm D, Capper D, Meyer J, Schrimpf D, Kool M, Northcott PA, Zheludkova O, Milde T, Witt O, Kulozik AE, Reifenberger G, Jabado N, Perry A, Lichter P, von Deimling A, Pfister SM, Jones DTW, Integrated analysis of pediatric glioblastoma reveals a subset of biologically favorable tumors with associated molecular prognostic markers. Acta Neuropathol. 2015 May 129(5):669-78
 
Pajtler KW, Witt H, Sill M, Jones DTW, Hovestadt V, Kratochwil F, Wani K, Tatevossian R, Punchihewa C, Johann P, Reimand J, Warnatz HJ, Ryzhova M, Mack S, Ramaswamy V, Capper D, Schweizer L, Sieber L, Wittmann A, Huang Z, van Sluis P, Volckmann R, Koster J, Versteeg R, Fults D, Toledano H, Avigad S, Hoffman LM, Donson AM, Foreman N, Hewer E, Zitterbart K, Gilbert M, Armstrong TS, Gupta N, Allen JC, Karajannis MA, Zagzag D, Hasselblatt M, Kulozik AE, Witt O, Collins VP, von Hoff K, Rutkowski S, Pietsch T, Bader G, Yaspo ML, von Deimling A, Lichter P, Taylor MD, Gilbertson R, Ellison DW, Aldape K, Korshunov A, Kool M, Pfister SM. Molecular Classification of Ependymal Tumors across All CNS Compartments, Histopathological Grades, and Age Groups. Cancer Cell. 2015 May 11;27(5):728-43
 
Hutter S, Piro RM, Reuss DE, Hovestadt V, Sahm F, Farschtschi S, Kehrer-Sawatzki H, Wolf S, Lichter P, von Deimling A, Schuhmann MU, Pfister SM, Jones DTW*, Mautner VF*, Whole exome sequencing reveals that the majority of schwannomatosis cases remain unexplained after excluding SMARCB1 and LZTR1 germline variants. Acta Neuropathol. 2014 Sep;128(3):449-52
 
Hovestadt V*, Jones DTW*, Picelli S, Wang W, Kool M, Northcott PA, Sultan M, Stachurski K, Ryzhova M, Warnatz H-J, Ralser M, Brun S, Bunt J, Jäger N, Kleinheinz K, Erkek S, Weber UD, Bartholomae CC, von Kalle C, Lawerenz C, Eils J, Koster J, Versteeg R, Milde T, Witt O, Schmidt S, Wolf S, Pietsch T, Rutkowski S, Scheurlen W, Taylor MD, Brors B, Felsberg J, Reifenberger G, Borkhardt A, Lehrach H, Wechsler-Reya RJ, Eils R, Yaspo M-L, Landgraf P, Korshunov A, Zapatka M, Radlwimmer B, Pfister SM, and Lichter P, Decoding the regulatory landscape of medulloblastoma using DNA methylation sequencing. Nature 2014 Jun 26;510(7506):537-41
 
Fontebasso AM, Papillon-Cavanagh S, Schwartzentruber J, Nikbakht H, Gerges N, Fiset PO, Bechet D, Faury D, De Jay N, Ramkissoon LA, Corcoran A, Jones DTW, Sturm D, Johann P, Tomita T, Goldman S, Nagib M, Bendel A, Goumnerova L, Bowers DC, Leonard JR, Rubin JB, Alden T, Browd S, Geyer JR, Leary S, Jallo G, Cohen K, Gupta N, Prados MD, Carret AS, Ellezam B, Crevier L, Klekner A, Bognar L, Hauser P, Garami M, Myseros J, Dong Z, Siegel PM, Malkin H, Ligon AH, Albrecht S, Pfister SM, Ligon KL, Majewski J, Jabado N, Kieran MW. Recurrent somatic mutations in ACVR1 in pediatric midline high-grade astrocytoma. Nat Genet. 2014 May;46(5):462-6.
 
Kool M, Jones DTW, Jäger N, Northcott PA, Pugh TJ, Hovestadt V, Piro RM, Esparza LA, Markant SL, Remke M, Milde T, Bourdeaut F, Ryzhova M, Sturm D, Pfaff E, Stark S, Hutter S, Seker-Cin H, Johann P, Bender S, Schmidt C, Rausch T, Shih D, Reimand J, Sieber L, Wittmann A, Linke L, Witt H, Weber UD, Zapatka M, König R, Beroukhim R, Bergthold G, van Sluis P, Volckmann R, Koster J, Versteeg R, Schmidt S, Wolf S, Lawerenz C, Bartholomae CC, von Kalle C, Unterberg A, Herold-Mende C, Hofer S, Kulozik AE, von Deimling A, Scheurlen W, Felsberg J, Reifenberger G, Hasselblatt M, Crawford JR, Grant GA, Jabado N, Perry A, Cowdrey C, Croul S, Zadeh G, Korbel JO, Doz F, Delattre O, Bader GD, McCabe MG, Collins VP, Kieran MW, Cho YJ, Pomeroy SL, Witt O, Brors B, Taylor MD, Schüller U, Korshunov A, Eils R, Wechsler-Reya RJ, Lichter P, Pfister SM, Genome Sequencing of SHH Medulloblastoma Predicts Genotype-Related Response to Smoothened Inhibition. Cancer Cell 2014 Mar 17;25(3):393-405